Türk ordusunun Ağustos 1922 tarihinde başlayan saldırıları karşısında Yunan orduları İzmir ve Ege kıyılarına doğru çekildiler. Geri çekilme sırasında, kasaba ve köyleri yaktılar ve yol boyunca Türk halkına zulüm uyguladılar. Manisa'nın doğusundaki Alaşehir ve Salihli gibi kasabalar yakıldı. Manisa'da yangından birkaç gün önce şehrin yakılacağı söylentileri dolaşmaya başladı. Şehrin yakılması Yunan ordusu tarafından itina ile organize edildi ve yangınlar özel gruplar tarafından birden fazla yerde başlatıldı. Kundakçıların önemli bir kısmı yerli Rumlar ve Ermeniler'den oluşuyordu. Salı 5 Eylül gecesi ve 6 Eylül sabahı, yangınlar Çarşı mahallesinde ve başka yerlerde başladı. Birçok insan güvenli yere ulaşmak için evlerini terk etti ve dağlara ve tepelere doğru kaçtı. Bu kaos sırasında bazı insanlar Yunanlar tarafından öldürüldü ya da yandı. Kaçan nüfus birkaç gün boyunca dağlarda saklandılar. Bu arada Türk ordusu hızla ilerlemeye devam etti ve bazı arta kalan Yunan birlikleri ile çatışmadan sonra 8 Eylül'de şehrin kalıntıları üzerinde kontrolü ele aldı. Fakat o sırada zaten şehrin çoğu yıkılmıştı.
HALK SPİL DAĞINA DOĞRU KAÇTI
Gülfem Kaatçılar İrem, küçük bir kız olarak yangına tanık oldu ve ailesi ile tepelere kaçtı, onun hatırladıkları: "Sabaha karşı milislerden kaçtıktan sonra, tepelerde gizlemek için kuru bir dere yatağına tırmandık. Biz tırmanırken, şehir yanıyordu, ve biz onun ışığı ile aydınlatıldık ve ısısı bizi ısıttı. Şehir üç gün ve üç gece yandı. Ben evlerin pencere camlarını bomba gibi patladığını gördüm. Üzüm reçeli gibi köpüren, birbirine yapışmış. Havada kendi ayakları ile ölü inekler ve atları, balonlar gibi. Eski ağaçlar kökleri ile devrildi. Ben bu şeyleri unutmadım. Isı, açlık, korku, koku. Üç gün sonra, aşağıda vadide toz bulutları göründü. At sırtında Türk askerleri; biz onları tepelerde bizi öldürmeye gelen Yunanlar sanıyorduk. Ben yeşil ve kırmızı bayraklar taşıyan üç asker hatırlıyorum. İnsanlar ağlıyor, atlarının toynakları öpüyordu "Bizim kurtarıcılarımız geldi diye."
ŞEHİR YENİDEN İNŞA EDİLDİ
Harap şehir ve çevresi, çok sayıda insan tarafından gezildi. Türk hükûmeti Tetkik-i Mezalim veya Tetkik-i Fecayi heyeti adında bir komisyon kurdu ve bunlar olayları ve mezalimi araştırmış ve belgelemiştir. Ünlü Türk kadın yazarı Halide Edip yangından sonra şehri gördü. Fransız hükûmeti temsilcisi, Henry Franklin-Bouillon, şöyle demiştir: "Magnesia (Manisa) kentinde 11.000 evden sadece 1.000'i ayakta kalmıştır. Patrick Kinross'a göre: "kutsal tarihi Manisa şehri içindeki on sekiz bin binadan sadece beş yüz ayakta kalmıştır." Toplam ekonomik hasar elli milyondan fazla lira (çağdaş değer)olarak tahmin edilmiştir.[5] Yunan askerlerinin bazıları, şehrin yeniden inşasında kullanıldı, Karaköy camii'nde olduğu gibi.
YAKLAŞIK 15 BİN BİNA İMHA EDİLDİ
İstanbul'da Amerika Birleşik Devletleri Konsolos Yardımcısı, James Loder Park, Yunan çekilişinden hemen sonra yaptığı gezide durumu şöyle açıkladı: Manisa ... neredeyse tamamen yangında silindi ... 10.300 ev, 15 cami, 2 hamam, 2.278 dükkân, 19 otel, 26 villa ... imha edildi... " "1. Partimiz tarafından ziyaret edilen iç şehirlerin imhası Rumlar tarafından gerçekleştirilmiştir. " "3. Bu şehirlerin yakılması ne düzensiz, ne de aralıklı, ne de kaza değildi, ama iyi planlanmış ve iyice düzenlemişti." "4. Fiziksel şiddet uygulandığının birçok örnekleri vardı, tam rakamlar elde etmek imkânsız fakat yaşanan olayların çoğu kasıtlı ve nedensiz. Yunanlar tarafından bu dört şehirde işlenen 'zulümler', güvenli bir şekilde binlerle tahmin edilebilir. Bunlar böyle tür vahşetin her üç olağan tipi, yani cinayet, işkence ve tecavüz'den oluşuyordu. "
3 BİN 500 KİŞİ YANARAK ÖLDÜ
Yangın sırasında kurbanların toplam sayısı tam olarak bilinmemektedir. Türk kaynakları 855 kişinin vurularak ve 3.500 kişinin alevler içinde öldüğünü tahmin ediyor. Çekilen Yunanların tarafından yakılan birkaç yakın kasaba ile bir karşılaştırma yapılabilir. Alaşehir'de 3.000 ve Turgutlu'da 1.000 ölünün olduğu tahmin edilmiştir. Yaralı sayısı da bilinmiyor, Türk kaynakları üç yüz kızın Yunanlar tarafından kaçırıldığını ve tecavüz edildiğini belirtiyorlar.